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來源于動植物可食用部位的酶制劑一般不需要做毒理學試驗；來自于微生物的酶制劑，菌種必須是符合GB2760－2011中規定的安全菌種，以確保在生產過程中酶制劑的菌株不會產生毒素，并能防止將有毒產物引入產品中。
食品工業用酶制劑在生產使用時必須符合國家有關標準。我國已批準使用于食品的酶制劑有α－淀粉酶、糖化酶、固定化葡萄糖異構酶、木瓜蛋白酶、果膠酶、β－葡聚糖酶、葡萄氧化酶、α－乙酰乳酸脫氨酶等。食品酶制劑在用法用量上嚴格按照標準執行，對人體是沒有傷害的，因為它被添加到食物中后，只在加工過程中起作用，即幫助一種物質完成一種轉變，而一旦它完成了使命，就功成身退，在終產品中消失或失去活性。
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